La virosis del tomate de árbol es una de las enfermedades de mayor importancia económica en las regiones productoras de este frutal en Colombia. Recientemente, se ha determinado que esta enfermedad es causada por un complejo viral, del cual hacen parte entre otros: potyvirus, cucumovirus, alfamovirus y polerovirus. Algunas de las especies de estos géneros virales son transmitidas en los cultivos por áfidos. El manejo de las enfermedades virales se fundamenta en el uso de semilla sana y en el control de las poblaciones de sus vectores. Esta investigación se planteó con el fin de identificar algunas de las principales especies de áfidos presentes en los cultivos de tomate de árbol en los cultivos de Antioquia y Nariño, evaluando su posible participación como vectores de los virus Cucumber mosaic virus (CMV), Potato leaf roll virus (PLRV) y Potyvirus, mediante la utilización de pruebas de ELISA, RT-PCR y secuenciación de la cápside viral. Los áfidos obtenidos en los dos departamentos fueron inicialmente diferenciados con base en su morfología en dos grupos: áfidos negros y verdes, procediéndose a su identificación con base en las secuencias de una región del gen mitocondrial Citocromo oxidasa subunidad I (COI), como Aphis gossypii y Macrosiphum euphorbiae. Los resultados de las pruebas serológicas indicaron la presencia de Potyvirus y PLRV para las muestras de A. gossypii de Nariño y Antioquia, mientras que CMV se detectó en ambas especies de áfidos en cultivos de Nariño, pero no en Antioquia. Las pruebas de RT-PCR permitieron la obtención de los amplicones esperados para PLRV y Potato virus Y (PVY) a partir del ARN extraído de individuos de A. gossypii, situación que fue confirmada por secuenciación. Esta investigación plantea la necesidad de realizar estudios epidemiológicos que evalúen la prevalencia de los áfidos detectados en diferentes regiones cultivadoras de tomate de árbol del país, su eficiencia en la transmisión de los virus detectados y su posible patogenicidad cruzada con cultivos como papa, tomate y otras solanáceas en los Andes de Colombia.