En el gato doméstico (Felis catus), la presencia de genes que codifican la coloración, el diseño y la longitud del pelaje, que se caracterizan por su herencia mendeliana y su fácil identificación fenotípica. Además su comportamiento reproductor no está controlado por el hombre, al igual que su vertiginoso incremento demográfico y su distribución casi mundial, ha convertido al gato doméstico, en una especie útil para la genética de poblaciones. El objetivo fue evaluar el perfil genético de las poblaciones de gatos domésticos (Felis catus) mediante genes del pelaje en Riohacha, La Guajira. Se efectuaron muestreos aleatorios de julio a septiembre del año 2015, en 267 animales adultos de seis barrios de Riohacha, utilizando marcadores de pelaje, cada animal se caracterizó fenotípicamente atendiendo a los marcadores de codificación morfológica: el locus ligado al sexo Orange (O) y los loci autosómicos Non-agouti (a), Tabby blotched (Tb), Dilution (d), Pelo largo (l) Manchado de blanco (S) y Dominante blanco (W). El marcador Non-agouti mostró la mayor frecuencia mientras los genes: Dominante blanco y pelo largo exhibió el valor más bajo. Se obtuvieron bajos valores de variabilidad genética a nivel global y poblacional. Así mismo, se obtuvo una escasa diferenciación genética entre poblaciones, acompañado de un elevado flujo génico; se observó exceso de heterocigotos a nivel poblacional y a nivel total y ausencia de equilibrio Hardy-Weinberg respecto a los marcadores Orange y Manchado de blanco. Se logró establecer que las poblaciones se encuentran muy relacionadas genéticamente.