Estudio de la variación de la expresión génica en variedades susceptibles y resistentes de DIANTHUS CARYOPHYLLUS elicitadas con FUSARIUM OXYSPORUM F. SP DIANTHI en condiciones in vitro
Study of the variation of gene expression in susceptible and resistant varieties of DIANTHUS CARYOPHYLLUS elicited with FUSARIUM OXYSPORUM F. SP DIANTHI under in vitro conditions
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Abstract
Al ser Colombia uno de los países con mayor producción de clavel a nivel mundial, es de gran importancia económica para el sector floricultor prevenir la enfermedad fusariosis, causa principal en las pérdidas del cultivo, a través de la obtención de variedades resistentes a esta enfermedad vascular provocado por Fusarium oxysporum f. sp. dianthi (FOX). Con el fin de realizar un acercamiento a la comprensión y conocimiento de la respuesta de variedades de clavel a la presencia de FOX, el objetivo principal de este trabajo de grado fue estudiar la expresión génica (ARNm) entre variedades susceptibles y resistentes de clavel durante la elicitación con dicho patógeno. Para esto, primero, se extrajo el ARNm de células des-diferenciadas de clavel, cultivadas in vitro, en condiciones elicitadas y no elicitadas, con tecnología de membrana de sílice. Segundo, se obtuvo un librería transcriptómica a través de la secuenciación RNA-seq al igual que la abundancia relativa de cada transcrito. Con esta información, se prosiguió en evaluar la variación de la respuesta génica en términos de ARNm producido por variedades susceptibles y resistentes de clavel a FOX. Finalmente, se detectó grupos de genes que podrían participar en el fenotipo de resistencia en variedades de clavel con la presencia a FOX.
Since Colombia is one of the countries with the highest production of carnations worldwide, it is of great economic importance for the flower sector to prevent the disease fusariosis, the main cause of crop losses, by acquiring resistant varieties to this vascular disease caused by Fusarium oxysporum f. sp. Dianthi (FOX). In order to make an approach to the comprehension and knowledge of the response of carnation varieties to the presence of FOX, the main objective of this degree thesis was to study the gene expression (mRNA) between susceptible and resistant varieties of carnation during the elicitation with such pathogen. For this, first, mRNA was extracted from de-differentiated carnation cells, cultured in vitro, under elicitated and non-elicitated conditions with silica membrane technology. Second, a transcriptomic library was obtained through RNA-seq sequencing as well as the relative abundance of each transcript. With this information, the variation of the gene response in terms of mRNA produced by susceptible and resistant varieties of carnation to FOX, was analyzed. Finally, groups of genes that could participate in the resistance phenotype in carnation varieties with the presence of FOX were detected.
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- Biología Aplicada [83]
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